Salut 
C’est un problème bien connu qui dépend de la version de GTK.
Ta version de Synfig est bien dépassée, tu devrais utiliser la dernière version de développement (le format des fichiers évolue, les incompatibilités aussi).
Les carrés sont les widgets de placement des panneaux, tout est dans le wiki.
Pour le contournement permettant d’obtenir une interface plus “propre”, tu peux changer de thème de GTK comme indiqué dans ma signature 
Buttons too big in Linux?
Mais j’insiste, utilise une version plus récente.
De plus, elles sont désormais en .appimage, ton système ne sera pas affecté
Bon courage 